El bueno es el modo dos. El modo uno mezcla las direcciones de los dos stick, lo probé una vez y casi me vuelvo loco.
Desde siempre he podido parar el Phantom con la combinación de despegue o dejando el stick de aterrizaje unos segundos hasta pararse, de hecho es así como siempre lo paro, dándole «pabajo».
Recomiendo ir probando cada opción una a una, guardar cambios y mirar resultados.
David, recuerdo haber visto por algún lado «Restaurar valores predeterminados». Aparte noto un comportamiento extraño de tu software. Cuando conectas el Phantom no debe haber problema para pasar a modo Naza. Si no es así es que no reconoce en ocasiones al gorrión, y esto es anormal.
Se me ocurren varias pruebas: desde lo de restaurar valores, reinstalar software, reinstalar drivers de DJI. Y tener presente que al actualizar hay que hacerlo primero con el RC Assistant conectando la emisora, calibrar, y luego, dejando encendida la emisora, conectar el Phantom al ordenador, actualizarlo todo y calibrar, incluyendo lo calibrado ya con el RC Assistant.
Suerte y al toro. La verdad es que podría ser más intuitivo, sencillo y claro el proceso de actualización.