Si se puede modificar la limitación de Altura, el fligh plan te crea un fichero que es una sucesión de valores, se puede editar con el notepad, y ahí puedes cambiar los valores, cada punto que creas en el mapa crea una trama de 17 valores separados por comas, mas o menos esto es una trama
5.000000,2,-1,0,0,-2147483648,10,16,15,30,-1,5,0,40.364350,-3.838114,false,-2147483648
Donde el primer valor de la trama representa la altura, si lo cambias a mano, el bebop se lo come, en teoría. No he hecho la prueba.