Hola José Miguel,
Asumo que es un Skycontroller 2. ¿Es así?.
¿Has actualizado el firmware del Bebop 2 y Skycontroller 2 a las últimas versiones?
En la aplicación FreeFlight Pro, con el Skycontroller conectado, entra en las opciones del Skycontroller (pantalla principal, arriba derecha, tienes un icono del mando) y dale a re-calibrar. A ver si te deja hacerlo.
Sí no te deja, enciende el Skycontroller 2, resetéalo (creo recordar que es con el Skycontroller 2 encendido y dejando pulsado el botón de encendido/apagado durante 10s) y prueba a hacer lo anterior cuando vuelva a encender.
Un saludo